内容紹介

ポストゲノム時代の新しい潮流として、PPI (Protein-Protein Interaction)やパスウェイと言った、生体内での分子間相互作用を記述した新しい形式のデータを、タンパク質などに対する既存のアノテーションや、マイクロアレイなどの実験データと統合して計算機上で扱う需要が高まっている。Cytoscapeはそのようなネットワークデータを統合／可視化／解析するための総合的なプラットフォームである。現在は、カリフォルニア大学サンディエゴ校／サンフランシスコ校、パスツール研究所、Agilent社などから構成される非営利団体のCytoscapeコンソーシアムが中心となり、アメリカ国立科学財団(NSF)、NIH、Google、英ユニリーバ社等をスポンサーに迎え開発が進められているオープンソースプロジェクトで、プラグインと呼ばれる仕組みを用いて、必要な機能をユーザーが独自に拡張出来ると言う特徴を持つ。本講演では、Cytoscapeの歴史と基本的な機能を用いたデータ統合・解析・可視化の流れに加え、実際の使用例等も交えて、幾つかのプラグインを紹介する。

詳細情報

刊年

2008

形態

電子化映像資料(1時間6分27秒)

別書名

GCOEセミナー

注記

講演者所属: University of California, San Diego Dept. of Bioengineering Laboratoryfor Integrative Network Biology

講演日: 平成20年9月8日

講演場所: 情報科学研究科大講義室

標題言語

日本語 (jpn)

本文言語

日本語 (jpn)

著者情報

大野, 圭一朗